El Doctor Cirilo Flores colaboró, como médico que era del Ayuntamiento de Quetzaltenango, a resolver una epidemia que afectaba a niños del pueblo de Cantel según se consigna en acta de julio de 1813. En acta posterior le agradecen también haber aceptado la plaza de preceptor de gramática para la juventud. En esos años el Doctor Flores fue el promotor de la introducción de agua potable a Quetzaltenango. Estas fueron algunas de sus actuaciones “cívicas”. Su actividad en la política la inició con su participación en la “Conspiración de Belén” del año 1813.
En acta del Ayuntamiento de Quetzaltenango del 4 de agosto de 1820 se informa que el Doctor Flores es nombrado Síndico municipal, jurándose en dicha sesión por la Constitución Política de la Monarquía Española. En enero de 1821 es electo Alcalde primero, pero no pudo asumir por haber sido Regidor el año anterior, prohibición que preceptuaba la Constitución vigente; en su defecto fue elegido como Alcalde don Mariano Gálvez, homónimo de otro personaje de extraordinaria relevancia en la historia nacional, quien fue Jefe de Estado de Guatemala.
El Doctor Cirilo Flores fue promotor del Estado de los Altos, y para ello procuró que Quetzaltenango se adhiriera el Imperio Mexicano para “liberarse” del control que sobre la economía y la política ejercía la Ciudad de Guatemala. Para ello se acuerda la anexión de Quetzaltenango al Imperio Mexicano el 15 de noviembre de 1821 y la Ciudad de Guatemala lo hace hasta el 29 de diciembre del mismo año. Declarada la anexión, con fecha 29 de enero de 1822 el Doctor Cirilo Flores firma en nombre del Ayuntamiento de Quetzaltenango el desconocimiento al gobierno central de Guatemala en los siguientes términos: “….que de ninguna manera, ni en ningún caso quiere reconocer Quetzaltenango el Gobierno de Guatemala, y que revoca cualquier expresión que bajo algún sentido pudiera entenderse que le reconocería, siendo su única voluntad, ahora y siempre, reconocer al Supremo Gobierno del Imperio Mexicano….”. Cuando cae el Imperio mexicano y se conforma por fin la anhelada Federación Centroamericana de las Provincias Unidas de Centroamérica, le corresponde al Doctor Cirilo Flores presidir la Asamblea Constituyente de 1824.
Es poco conocido el hecho que el Doctor Cirilo Flores fue el primer quetzalteco en ostentar la jefatura del Estado de Guatemala. El acontecimiento tuvo lugar cuando estaba vigente la Federación Centroamericana y su Presidente era el salvadoreño Manuel José Arce, y el Jefe del Estado de Guatemala Juan Barrundía y el sub-jefe el Doctor Cirilo Flores, quienes iniciaron su periodo el 30 de septiembre de 1824.
El 6 de septiembre de 1826 el Jefe del Estado, Juan Barrundía, fue depuesto por Arce como consecuencia del apoyo que Barrundia daba al militar francés Coronel Nicolás Raoul, quien trataba de controlar al ejército federal quitándole al Presidente Arce la potestad de Jefe supremo de las fuerzas armadas. Hay que recordar que Arce pertenecía al lado conservador, mientras que Barrundia y Flores al liberal, bandos opuestos y enemigos políticamente. Los liberales habian elegido presidente a Arce, pero le retiraron su apoyo cuando nombró a su primo hermano José Matías Delgado como Obispo de San Salvador. Como consecuencia de ello el sub-jefe Cirilo Flores asumió la jefatura del Estado de Guatemala, trasladando el gobierno a Quetzaltenango, su ciudad natal, en base a lo acordado por la Asamblea. Establecida la jefatura del Estado en Quetzaltenango surgió el requerimiento de bestias para el ejercito que dirigía el también liberal José Pierzon para contrarrestar al ejercito de Arce, para lo que decomisaron varios patachos de mulas pertenecientes a los religiosos Franciscanos, lo cual enojó al pueblo que enardecido por líderes conservadores persiguió al jefe de Estado acorralándolo en la Iglesia de San Francisco, (hoy Catedral Metropolitana del Espíritu Santo), en donde se refugió el Doctor Cirilo Flores protegido por el párroco, pero la turba lo sacó al parque en donde lo linchó el 13 de Octubre de 1826.
La Ciudad de Flores, en el Petén, lleva su nombre en homenaje al Doctor Cirilo Flores; y en el pueblo de Almolonga hay un monumento en su honor frente a los Baños que llevan el nombre de Cirilo Flores. En Quetzaltenango se le recuerda con un busto en la parte sur del Parque a Centroamérica, y una calle en la Zona 5.
El Doctor Flores es un personaje importante de nuestra historia aunque para muchos su actuación es desconocida.