Cuando perdieron el control monárquico los Habsburgo (en 1700) y lo asumieron los Borbones, se llevó a cabo en toda América una reforma militar que tuvo como propósito reforzar la defensa del imperio español para frenar la siempre amenazadora intención inglesa de desplazarles de los territorios conquistados. Antes de esas fechas, durante buena parte del periodo colonial, los pocos peninsulares y criollos residentes en Quetzaltenango se organizaban en lo que se denominó como milicias “antiguas”, con el propósito de mantener el orden social, mismo que era esporádicamente perturbado por intentos de alzamientos indígenas. Vale mencionar que en 1683 eran únicamente 53 los considerados como “no indígenas” en Quetzaltenango.
Años más tarde, en 1762, con la caída de La Habana en manos de los ingleses, -a pesar de ser la ciudad más fortificada de América-, se demostró la fragilidad del sistema defensivo español, con lo que se inició un proceso de adiestramiento a las milicias “antiguas”. Como compensación, a los oficiales y soldadesca de la nueva unidad militar, la Corona española decidió otorgarles los privilegios legales y judiciales del fuero militar. De manera que, en Quetzaltenango, al igual que en otros territorios, se organizaron milicias más profesionales y disciplinadas. Pero esta modalidad cambió la tradición social y política existente, especialmente a partir del año de 1766, bajo el gobierno del Mariscal de Campo Pedro de Salazar, quien gobernó el Reino de Guatemala de 1765 a 1771 y nombró al subteniente Gaspar Reyes, para adiestrar profesionalmente a la milicia de Quetzaltenango. Este cambio desplazó al grupo de acaudalados españoles que dirigían la milicia, co-gobernando con los corregidores de turno. El subteniente Reyes organizó un ejército de tres compañías de 50 soldados cada una, integrada por personas del pueblo, de condición económica baja, asunto que disgustó a los antiguos jefes de milicia, los peninsulares Gregorio Lizaurzábal, Tomás Paniso, Florencio Loarca y Onofre Pérez, entre otros, quienes la habían dirigido por décadas.
Con motivo de la llegada del nuevo capitán general don Martín de Mayorga en 1773 a Santiago de los Caballeros, y especialmente debido a la guerra contra Inglaterra en 1779, la monarquía reforzó aún más las milicias, nombrando a don Matías de Gálvez, coronel del ejército español y veterano en las armas, para reorganizar la estructura de la institución. En Quetzaltenango fue nombrado el subteniente Antonio de Echeverría, quien confirmó en sus cargos a los criollos, en desmedro de los peninsulares, lo cual disgustó a estos, quienes iniciaron un proceso judicial en contra de Echeverría, argumentando que la norma explicitaba que no podían ser milicianos los no-españoles.
Entre los peninsulares que habían llegado de Santiago de los Caballeros después del terremoto de 1773 figuraban algunos importantes peninsulares, entre ellos don Domingo Gutiérrez Marroquín y don Pedro Antonio Mazeyras, quienes iniciaron exitosos negocios en Quetzaltenango, y reforzaron la lucha porque fueran ellos quienes obtuvieran los rangos superiores en las milicias, argumentando su riqueza y su origen. Finalmente obtuvieron de José de Gálvez, ministro de Indias y hermano de Matías de Gálvez, los títulos para organizar un batallón de infantería disciplinada de 873 hombres. Don Domingo Gutiérrez Marroquín y Pedro de Mazeyras obtuvieron puestos de relevancia en la milicia, aun sin tener experiencia militar, lo que les otorgó fuero especial, mismo que les facilitó hacer crecer sus negocios, entre ellos obtener el permiso para el estanco de aguardiente, fuente importantísima de riqueza en aquella época.
Pero descontentos de que en el batallón había quetzaltecos dirigiéndolo, los peninsulares plantearon un nuevo alegato, aduciendo que aquellos no eran dignos de tan altos puestos por sus “defectuosos nacimientos”, y por no poseer buena condición económica. La confrontación se estableció entre dos facciones: la de los criollos y ladinos nativos de Quetzaltenango, y los peninsulares, hasta que el 19 de abril de 1786 estalló un tumulto popular contra los extranjeros, lo que obligó a Gutiérrez, Marroquín y a Mazeyras y sus familias a abandonar temporalmente Quetzaltenango. Finalmente, la Corona española dictaminó a favor de los extranjeros, quienes volvieron a Quetzaltenango, y don Domingo Gutiérrez Marroquín obtuvo el puesto de comandante del batallón de milicias de Quetzaltenango hasta su muerte en 1795. Todo ello facilitó el que los españoles y criollos conquistaran el poder político en Quetzaltenango, el cual se consolidó cuando la corona española autorizó en 1806 el primer Ayuntamiento de españoles en Quetzaltenango, siendo su primer Alcalde don Francisco de Gregorio y Pinillos.