Durante la Colonia, y acorde a normativas que ordenaba la Corona española, en aquellos territorios con importante cantidad de población indígena debía haber un Gobernador indígena, quien era escogido entre los Principales y que ocupaba el puesto por largos periodos, tiempo que algunos de ellos, según consta en documentos históricos, aprovecharon para enriquecerse, utilizando para ello sus buenas relaciones con los españoles. El Gobernador indígena dependía del Corregidor y del Cura Doctrinero, quienes eran las más altas autoridades. Quetzaltenango fue uno de esos Corregimientos gobernados por un gobernador indígena.
Funcionaba también en la época colonial la Alcaldía indígena. Recordemos que Quetzaltenango fue hasta 1806 lo que se denominaba un “Pueblo de Indios”. Funcionaba también un Cabildo de Quetzaltenango, hasta que en 1806 que se declara a Quetzaltenango como Ciudad, se conforma un Ayuntamiento y se nombra un Alcalde, siendo el primero en ocupar el puesto Francisco de Gregorio y Pinillos.
Esta forma de gobierno continuó aun después de la independencia de España, especialmente durante los gobiernos conservadores del siglo XIX. Fue hasta la llegada de los liberales cuando los principales k’iche’ solicitaron al gobierno central se suprimiera el cargo de gobernador, hastiados sin duda de los abusos de sus propios gobernadores, siendo los dos últimos José María de Paz y Antonio Cajas.
Más tarde, ya en 1879 la Municipalidad ladina propuso que se integrara un solo gobierno para el Municipio, eliminando el sistema dual de Ayuntamiento y Alcaldía Indígena (Cabildo), siendo ésta abolida en 1894. Inmediatamente los principales k’iche’ solicitaron que hubiese un tercer alcalde indígena, y seis concejales k’iche’, lo cual fue aceptado y funcional durante mucho tiempo. Vale la pena revisar la solicitud que por escrito elevaron al gobierno de José María Reina Barrios en 1894, suscrita por el Alcalde indígena Santiago Coyoy: “[…] Vosotros deseáis el adelanto político de nuestra raza, porque estáis convencidos de que, contribuimos con agrado a la realización del progreso de la patria, cultivaremos la inteligencia de nuestros hijos cuando tengamos elementos para ello y contribuiremos a la revolución social y política del país el día en que el ambiente moral de la república nos permita el desarrollo benéfico y armónico de nuestras facultades naturales […] anhelamos la regeneración de lo indio para obtener en lo posible la igualdad civil y política, que es la base de las democracias […] en resumen pedimos que se establezca que el Alcalde tercero, el Síndico segundo y seis Regidores de la Municipalidad sean precisamente indígenas”.
Durante varios periodos municipales se siguió con la propuesta; hasta que con la llegada del gobierno del Presidente Ubico se suspendió la elección de los gobiernos locales, optándose por el nombramiento de intendentes. Y a partir de la caída de Ubico se restableció la elección, pero sin la obligatoriedad de la “cuota” sugerida por los principales K´ichés a finales del siglo XIX. En prácticamente todos los Concejos municipales de Quetzaltenango hubo varios concejales indígenas, pero no es sino hasta 1996 cuando la casi totalidad de las autoridades municipales son indígenas, con el triunfo de Rigoberto Quemé apoyado por el Comité Cívico Xel Jú. La gestión del Licenciado Rigoberto Quemé fue eficiente, pues logró en su periodo una planificación profesional que redundó en la donación de recursos del gobierno japonés para un sistema de agua potable; de la misma manera logró la planificación de un sistema de drenajes (que aún no se implementa); la organización de una oficina de información con datos socio demográficos de la Ciudad PROINFO (especialmente importante para la planificación), y la vinculación con diversos sectores de la sociedad.
En las subsiguientes corporaciones, incluida la actual, hay representación indígena que en términos generales responden a los partidos políticos proponentes más que a lógicas étnicas.